За політичну діяльність він тричі сидів у царській тюрмі. Через арешти й ув’язнення закінчити університет удалося лише в 1908 році. У 1906–1910 роках викладав у гімназіях та на вищих курсах Харкова, але як «неблагонадійний» був позбавлений педагогічної практики.
Протягом 1910–1913 років працював у кооперативних організаціях Волині, Полтавщини та Кубані. У 1913–1917 pоках, із незначними перервами, працював у Полтавському губернському земстві інструктором кооперації, став організатором кредитних і споживчих спілок та кооперативних курсів.
Активну участь у кооперативному русі поєднував із політичною діяльністю в Українській соціалдемократичній робітничій партії.
Після Лютневої революції 1917 року на І Всеукраїнському селянському з’їзді був обраний до складу УЦР, член Малої Ради від фракції УСДРП, член і заступник голови ЦК Селянської спілки, редактор тижневика УСДРП «Воля».
У першому українському уряді посідав посаду генерального секретаря земельних справ. Був одним з авторів земельного закону УЦР. На відміну від інших соціалістів, виступав проти скасування інституту земельної власності.
Попереджав, що такий крок спричинить земельну анархію: «кожний селянин буде брати для себе землі стільки, скільки йому захочеться, посилаючись на те, що земля є всенародна». Відстоював думку, що «широке громадянство просто не доросло до соціалізму», «селяни розуміють соціалізм як перенесення майна із панського двору до свого власного».
За Гетьманату очолював управу Українського кооперативного комітету, викладав у Київському комерційному інституті, був одним із засновників Кооперативного інституту ім. М. ТуганБарановського у Києві, членом ради директорів «Дніпросоюзу» і «Українбанку».
Після утвердження Директорії у грудні 1918 року його призначено міністром продовольчих справ в уряді В. Чехівського, а з 9 квітня по 27 серпня 1919 року очолював Раду народних міністрів УНР і водночас обіймав посаду міністра фінансів. Сприяв упровадженню української грошової одиниці — гривні.
27 серпня 1919 року на засіданні Кабінету народних міністрів УНР Б. Мартос склав із себе обов’язки голови уряду, залишившись у його складі на посаді міністра фінансів.
Згодом після поразки Української революції Борис Мартос разом з урядом УНР виїхав за кордон. У 1921 році у Празі, де тоді зосередилася переважно українська еміграція та її політичне й культурне життя, він стає директором Кооперативного бюро при Українському громадському комітеті. До всього організовує при ньому кооперативні курси, які 1922 року стали основою створення Української господарської академії в Подебрадах у Чехословаччині.
У 1924 році Мартос захищає докторську дисертацію «Теорія кооперації». У 1945 році він переїхав до Мюнхена, де взяв участь в організації Української економічної високої школи і був її ректором протягом 1945–1949 років.
У 1958му він переїхав до США, де продовжував свою наукову працю. Протягом 1959–1963 років Борис Миколайович викладав теорію кон’юнктурних коливань та історію соціальноекономічних доктрин і керував бібліотекою Українського технічного інституту в НьюЙорку.
Увесь час він виступав із науковими доповідями. Борис Миколайович Мартос залишив досить значну наукову спадщину. Його праці присвячені головним чином проблемам кооперації.
На перший план у людському житті Мартос ставить працю: «Праця утворила всі ті цінності, котрими володіє людина; праця осушила болота, праця прочистила ліси; розкопала гори, вона ж примусила землю родити те, що найбільш потрібно людині...» Високо оцінивши роль праці у житті людини, Борис Миколайович відразу ж наголошує на необхідності об’єднання людей в їх діяльності і розкриває ті вигоди, які дає таке об’єднання.
Разом із тим він робить застереження щодо добровільності об’єднання. Він пише про вигоди розподілу праці, спеціалізації, які зумовлюють підвищення її продуктивності.
Один із розділів головної своєї праці «Теорія кооперації» Мартос називав «Економічні підстави кооперації». Такими підставами у автора є: обмін, зиск, лихварство, визиск, «нерівний розподіл виробів». З’ясувавши економічні підстави кооперації, автор аналізує існуючу на той час організацію виробництва і одночасно дає визначення відповідних економічних категорій. Щодо організації виробництва, то він звертає увагу на існуючий розподіл праці, на необхідність використання сировини й машин у виробництві.
Утім, саме робітника визначає Мартос «найнеобхіднішим чинником у господарському житті». Споживачам він надає великого значення, наголошуючи взагалі на пріоритеті споживання. Загальний висновок Бориса Миколайовича — саме робітники і споживачі є найголовнішими «факторами» господарського процесу. Проте їхні інтереси найменше враховуються.
Відносячи до споживачів усі верстви населення, Мартос разом із тим підкреслює, що понад 90% їх становлять працюючі верстви, які нещадно експлуатуються усіма іншими учасниками виробничого процесу. Панівні верстви одержують зиск, експлуатуючи робітників і як працівників, і як споживачів. Зиск у Мартоса — це недоплата робітникові або переплата споживача.
Саме ці відносини, відносини експлуатації і визиску, пише Борис Миколайович, «утворюють усі ті протиріччя, соціальні й економічні, від яких терпить наше суспільство, гальмують людський поступ».
Значний інтерес становить розуміння Мартосом кооперації. Перш за все він наголошує, що «кооперація не ставить своїм завданням перебудувати сучасний лад у суспільстві, замінити його новим». Ця заява є досить важливою в характеристиці світогляду Мартоса. Але вона скоріше свідчить про прихильність його до еволюційного шляху розвитку суспільства і про надання у цьому розвитку великої ролі кооперації.
Усе своє свідоме життя Борис Миколайович Мартос присвятив кооперативній справі, розробляючи теорію кооперації, популяризуючи її та займаючись організацією відповідних навчальних закладів. До останнього Борис Миколайович, незважаючи на похилий вік, брав посильну участь у роботі Української вільної академії та Наукового товариства імені Т. Шевченка.
Помер Борис Миколайович Мартос на 98му році життя. Спочиває на православному цвинтарі у БаундБрук (штат НьюДжерсі, США).