З 1950-го — ієродиякон, а із 1952-го — ієромонах і священик. Із 1953 року — викладач Святого Письма у Московській духовній семінарії, а із 1954 року — доцент Московської духовної академії та благочинний Троїце-Сергієвої лаври.

У 1956 році одержав сан ігумена і був призначений на посаду інспектора Саратовської духовної семінарії. Вже у 1957-му був переведений на посаду інспектора Київської духовної семінарії, а в 1958-му зведений у сан архімандрита і призначений ректором Київської духовної семінарії.
У 1962 році Філарет висвячений на єпископа. У 1960-му — керуючий справами Українського екзархату РПЦ, настоятель кафедрального Володимирського собору в Києві.
Протягом 1962–1965 років служив у єпархіях РПЦ у Ризі, Відні, Дмитрові (нині місто Московської області), відвідував християнські спільноти в країнах Європи, Північної Америки, Африки, Святої Землі (Палестина, Ізраїль).
У 1966 році був піднесений у сан архієпископа, обраний постійним членом Синоду РПЦ, призначений на посаду архієпископа Київського і Галицького, екзарха всієї України, а в 1968 році став митрополитом. У 1979-му став головою Синодальної комісії РПЦ з питань християнської єдності та міжнародних церковних відносин.
У 1988 році організував в Україні урочисте відзначення 1000-ліття хрещення Київської Русі, а також домігся поновлення монастирського життя і служіння в Києво-Печерській лаврі.
По смерті Патріарха Московського Пимена таємним голосуванням членів Синоду РПЦ обраний місцеблюстителем патріаршого престолу в Москві.
У 1991 році Філарет розпочав клопотання перед новим Патріархом Московським Алексієм II (Рідігером) і Синодом РПЦ про надання Українській православній церкві (УПЦ) повної незалежності (автокефалії), на що одержав відмову, увійшовши в конфлікт із Московською патріархією. На Соборі у травні 1992 року в Харкові, скликаному прибічниками Московської патріархії, був усунений від управління УПЦ.
На спільному Соборі Української автокефальної православної церкви і УПЦ (25-26 червня 1992 року) було утворено Київський патріархат. При Патріархах Мстиславі (Скрипнику) і Володимирі (Романюкові) митрополит Філарет був другою особою в єпископаті Української православної церкви Київського патріархату.
Після смерті 14 липня 1995 року Патріарха Володимира (Романюка) третім Патріархом Київським і всієї Руси-України був обраний на Всеукраїнському православному соборі 21 жовтня 1995 року митрополит Філарет. Урочиста інтронізація відбулася 22 жовтня 1995 року у Володимирському соборі.
За роки патріаршества Філарета число парафій зросло до 5 тисяч, збудовано майже 3 тисячі нових храмів, а єпископат зріс від одного десятка до понад 40 архієреїв (митрополитів, архієпископів, єпископів), які діють на всій території України, а також серед православних українських громад зарубіжжя (країн Західної Європи, США, Канади).
Створено систему богословської освіти. Священики для парафій УПЦ КП здобувають вищу освіту у трьох богословських духовних академіях — у Києві, Львові та Луцьку; на богословському факультеті Чернівецького національного університету, у Богословському інституті в Івано-Франківську, а середню освіту — у кількох семінаріях.
Крім обов’язкових щорічних візитацій в єпархії УПЦ КП в Україні, Патріарх Філарет часто відвідує зарубіжні країни — США, Канаду, Францію, Бельгію, Туреччину, Ізраїль та ін. Видавництво Київської патріархії забезпечує вірних всеукраїнськими виданнями. Йдеться про газету «Голос православ’я», журнал «Православний вісник», видання «Інформаційний бюлетень», «Православний церковний календар».
Регулярно виходять друком і науково-богословські збірники «Труди Київської духовної академії», «Апологет», а також численна періодика єпархій та парафій по всій Україні.
Переконаний прихильник православних богослужінь українською літературною мовою, Патріарх Філарет особисто переклав рідною мовою понад 50 томів духовної літератури: здійснив повний 5-й переклад Біблії українською мовою, а також «Закон Божий», «Служебник», «Требник», «Часослов», «Акафісник», «Мінею», «Октоїх», «Постову Тріодь», «Квітну Тріодь», а ще багатотомні творіння святих отців: «Добротолюбіє», повні зібрання творінь Іоанна Златоуста, Василя Великого, Григорія Богослова, Іоанна Дамаскіна, Григорія Ниського, Афанасія Великого, Іринея Ліонського, Климента Александрійського, Тертуліана, Єфрема Сіріна, Ісака Сіріна, «Житія святих» Димитрія Ростовського та ряд інших творів.
Чи не найбільшою заслугою Патріарха Філарета перед українським народом та православ’ям є його багаторічна боротьба за створення автокефальної Православної церкви України. Саме тому Президент Петро Порошенко присвоїв Патріархові Філарету звання «Герой України».
«Ще не придумано тієї міри, якою можна виміряти внесок Патріарха Філарета у боротьбу за власну помісну церкву. Він був, є і залишиться духовним лідером української церкви, духовним лідером українського народу», — заявив Петро Порошенко.
Ми віримо, що віднині всі зусилля Філарета будуть спрямовані на те, щоб Православна церква в Україні набула якомога швидше статусу патріархату. З огляду на весь життєвий шлях видатного діяча всесвітнього християнства, українського патріота і свідомого громадянина Михайла Денисенка, на його самовіддане служіння Богу та Україні немає сумнівів, що цей час не за горами.
Здоров’я Вам і довголіття, Михайле Антоновичу!

Ярослав ШЛАПАК, Укрінформ