1921 року вступив до Українського архітектурного інституту в Києві. Тоді ректором був архітектор Дмитро Дяченко — лідер необарокового українського стилю в архітектурі (кінця XIX — початку ХХ століття).
1924 року інститут було об’єднано з Інститутом пластичних мистецтв та створено Київський художній інститут (КХІ).
Проектування студіював у майстерні Павла Альошина — вихованця петербурзької Академії мистецтв, послідовника класицизму. У визначенні його ідейно-творчої позиції певну роль відіграла Асоціація революційних митців України (АРМУ), створена 1925 року і очолювана ректором інституту І. Вороною, що оголосила: «Нова доба — доба соціалізму — витворить свій стиль і свої, властиві йому форми».
А формувалася вона під впливом конструктивізму, який запроваджував в архітектуру теорію функціонального призначення будівель, передову техніку і нові матеріали, економічність, графічно прості форми без деталей.
Творча позиція Володимира Заболотного студентської пори яскраво виявилася в його дипломному проекті профілакторію «Кинь-Грусть» на 500 місць. Вирішений у простих геометричних формах і дещо революційно-романтичний за загальним виглядом, цей твір являє собою функціонально досконалий, композиційно стрункий і виразний за образом санаторний комплекс, поєднаний із природним оточенням.
У 1927 році Володимир Гнатович успішно захистив цей проект, одержав звання архітектора-художника і був залишений викладачем КХІ. Водночас почався перший етап його самостійної діяльності.
Наприкінці 20-х — на початку 30-х років Заболотний викладав архітектурне проектування в КХІ та Київському інженерно-будівельному інституті. Одночасно був головним архітектором Державного інституту проектування міст — ДІПРОМІСТО. Його науковці розробляли тоді концепцію соціалістичного міста, що передбачала усуспільнення побуту і колективні форми життя.
Виходячи з цієї концепції, Заболотний створив проект міста Комінтернівська. У проекті територія міста поділена на промислову, житлову, рекреаційну та інші зони. Одночасно за проектами Володимира Заболотного споруджуються Палац культури металургійного заводу у Дніпродзержинську і будинок Облспоживспілки у Вінниці.
Другий етап діяльності Заболотного охоплює другу половину 30-х — першу половину 40-х років. Коли 1934 року столицею України став Київ, тут було вирішено спорудити Урядовий центр. Оголосили конкурс на його проект. Заболотний узяв участь у цьому конкурсі: він разом із П. Юрченком і В. Онашенком створює проект Урядового центру (1935).
У 1935–1936 роках Заболотний разом зі своїми учнями з КІБІ проектує і споруджує у Парку піонерів м. Києва технічний, агробіологічний і військовий павільйони та Театр ляльок і кінотеатр.
Тоді ж за його проектами на вулицях Червоноармійській (нині Великій Васильківській) і Жертв Революції (нині Трьохсвятительській) споруджено два багатоквартирних будинки. Найкращим твором Заболотного цього періоду його творчості є Будинок Верховної Ради у Києві (1936–1939).
У 1939–1941 роках він працював головним архітектором міста Києва.
Під час війни перебував в евакуації: у 1941–1943 роках працював завідувачем відділу мистецтв при Інституті народної творчості в місті Уфі Башкірської АРСР.
Незабаром після звільнення Києва від німецької окупації у 1943 році Заболотний повернувся в Україну і був призначений головою Українського філіалу Академії архітектури СРСР. Почався третій етап його творчої діяльності.
Центральна магістраль столиці й прилеглі квартали, як і забудова багатьох інших населених місць, були зруйновані. Перед українськими архітекторами постала проблема грандіозної відбудови. 1945 року за ініціативою і під керівництвом Заболотного на базі філіалу Академії архітектури СРСР створено першу в історії України Академію архітектури в Києві. Він був обраний її президентом.
Започатковане у філіалі проектування широко розгорнулося в Академії і було пов’язане з відбудовчим періодом. В. Заболотний брав у ньому активну участь. Він підготував один із найцікавіших конкурсних проектів відновлення Хрещатика, в якому активно звертався до традицій українського бароко.
Відповідно до своєї ідеї розвитку національних архітектурних традицій В. Заболотний разом із В. Лазаренком створює проект облицювальної кераміки (1945, І премія), конкурсні проекти індустріально збірних одноповерхових житлових будинків для Донбасу (1948), а також споруджує зі шлакобетону будинки селища Будівельник у Дніпрі (1949–1950, співавтори Я. Штейнберг, І. Граужис).
Ця його ідея втілена також в архітектурі значної частини забудови Нової Каховки, спорудженої за проектами Академії (1951–1954).
У 1956 році в державі відбувся перехід на індустріально-збірне будівництво. Академію архітектури було реорганізовано в Академію будівництва і архітектури УРСР — АБіА, президентом якої став інженер-будівельник А. Комар.
Тоді ж В. Заболотного обрали дійсним членом української та союзної АБіА. 1957 року він очолив відділ історії українського мистецтва при президії АБіА УРСР, створений за його ініціативою. Відділ визначив своїм завданням узагальнення та висвітлення багатовікового розвитку і здобутків українського мистецтва.
Очолюваний Володимиром Заболотним великий колектив українських мистецтвознавців розпочав роботу над «Програмою з історії українського мистецтва», що окремими розділами охоплювала всі його види (К., 1956). За цією програмою, спираючись на мистецтвознавчі здобутки минулого і власні дослідження, протягом 1957–1962 років у відділі створені: однотомник «Нариси з історії українського мистецтва» (К., 1962) й авторський рукопис шеститомної «Історії українського мистецтва» (з ілюстраціями).
3 липня 1962 року Володимир Гнатович Заболотний помер. А у 1963-му Академію будівництва і архітектури було ліквідовано. Підготовку перших п’яти томів завершив Науково-дослідний інститут теорії, історії та перспективних проблем радянської архітектури (НДІТІА) в Києві, а шостого тому — науковці Інституту мистецтвознавства, фольклору та етнографії ім. М. Т. Рильського АН УРСР. Загальну редакцію виданого в 1966–1971 роках шеститомника здійснила очолювана Миколою Бажаном Головна редакція УРЕ.
Шеститомник високо оцінила культурно-мистецька громадськість, а український уряд 1971 року нагородив В. Заболотного (посмертно) та інших найактивніших авторів Державною премією ім. Т. Шевченка.
Володимира Гнатовича поховано на Байковому кладовищі у Києві. На його могилі 1965 року споруджено монументальний пам’ятник. У Переяславі-Хмельницькому, в колишньому будинку його батька, створено Меморіальний музей архітектора Володимира Гнатовича Заболотного.